产品编号制度是绿色食品一项重要管理制度，目的是加强证后监管和查处假冒行为。现行的产品编号制度实行“一品一号”原则，编号的有效期为三年，续展认证后更换编号。
每一个绿色食品产品都有唯一的产品编号，编号印在产品包装上，可以直观反映产品的类别（共分57小类）、认证年月、产地（国别和省别）、等级等信息。
绿色食品产品编号制度最早定立于1993年1月，以后经过两次修改。十多年来，产品编号制度对加强证后监管和维护良好的市场秩序起到了积极作用，但随着事业发展，特别是大型企业以及企业系列产品不断增加，也日益暴露出一些问题：一是产品通过续展获得新编号后，企业往往存有大量印有旧编号的包装，导致大量旧包装浪费或超期用标；二是当多个认证产品组合包装时，包装物上印制所有产品编号的难度大，也不利于企业根据市场变化灵活调整组合包装的产品种类。为此，改革编号制度成为迫切要求。
为了进一步完善绿色食品产品编号制度，既方便企业使用绿色食品标志，又利于加强监管，中国绿色食品发展中心于2008年8月启动了绿色食品产品编号制度改革调研，随后提出了产品编号制度改革方案，经过在全国绿色食品管理系统广泛征求意见和多次组织专家论证后，最终确定了现在即将实施的新编号制度。
一、新旧编号制度的过渡
（一）为便于企业消化库存包装，2009年8月1日前已获证的产品在有效期内可以继续使用印有原产品编号的包材，待再次印制包材或续展后启用新编号方式。企业信息码可从我中心网站“查询专栏”中获取或电话查询。电话：（010）62191419、62191420。
（二）2009年8月1日后完成续展的产品，原产品包装没有用完的，经向我中心书面申请并获得书面同意后，可延期使用，但最长不超过六个月。
（三）过渡期截止到2012年7月31日。此后，所有获证产品包装上统一使用企业信息码。
二、新编号制度的主要内容
（一）继续实行“一品一号”原则。现行产品编号只在绿色食品标志商标许可使用证书上体现，不要求企业将产品编号印在该产品包装上。
（二）为每一获证企业建立一个可在续展后继续使用的企业信息码。要求将企业信息码印在产品包装上原产品编号的位置，并与绿色食品标志商标（组合图形）同时使用。没有按期续展的企业，在下一次申报时将不再沿用原企业信息码，而使用新的企业信息码。
（三）企业信息码的编码形式为GFXXXXXXXXXXXX。GF是绿色食品英文“GREENFOOD”头一个字母的缩写组合，后面为12位阿拉伯数字，其中一到六位为地区代码（按行政区划编制到县级），七到八位为企业获证年份，九到十二位为当年获证企业序号。
（四）完善绿色食品标志商标许可使用证书。一是在证书原有内容的基础上增加企业信息码；二是采用证书复印防伪技术，增加水印底纹，防止证书复印件涂改造假。
（五）建立监管信息查询系统。在我中心建立企业查询数据库，向社会公开，可通过访问我中心网站（www.greenfood.org.cn）获得企业认证产品信息。