莲子是莲蓉月饼莲蓉馅的主要原料，莲子有红莲子和白莲子之分，因此莲蓉也就有红白莲蓉之分。莲子为莲科植物莲的种子，待秋季果实成熟时割取莲房，取出果实，除去果皮，干燥后即是红莲子，红莲子经过加工去皮后就成为白莲子。从营养成分上看，红白莲子相差无几，都富含人体所需的蛋白质、碳水化合物及钙、磷、铁及多种维生素等营养元素，是老幼皆宜的食品；从药用角度来看，莲子具有补中益气、养心益肾、镇静安神、健脾养胃等功效，可用于体质虚弱或病后产后脾胃虚弱、心烦易怒、失眠多梦，食欲不振以及妇女血虚腰酸、白带增多、男子肾气虚之遗精等病症，红莲子更多用于补血养颜，而白莲子则在补气上稍胜一筹；口感上白莲子煮后软而糯，清香可口，红莲子则不易煮烂，肉质较硬且稍涩。
莲子虽有很好的滋补作用，但制成馅料后，加入了大量的糖和油，摇身变为高脂肪、高糖分的食品，多吃不但会影响血糖、血脂，还不利于胃肠健康，因此无论何种月饼只可浅尝，每次最好只吃四分之一个，以避免摄取过多的热量和油脂。品尝月饼最好泡一杯热茶或备一杯白开水，可帮助去油腻，同时由于茶所含热量低，相较于可乐、咖啡等饮料就更为合适。中医认为月饼甘甜油腻，遇热则“化”（消化），遇冷则“凝”（积滞），易导致恶心、厌食、腹痛等胃肠道症状。另外，醋饮品也是月饼不错的搭配，其中的醋酸不仅可以起到软化血管、降低血压、消食除积的功效，还能促进食物中钙、磷、铁等成分的溶解，有利于身体对营养物质的吸收，具有较好的健脾胃和助消化的作用。