“毒奶粉”事件发生后不久，中国卫生部9月11日就与世界卫生组织进行联系，希望其协助对三聚氰胺的毒性进行评估。 目前，科学家在莴苣、芹菜、西红柿、土豆甚至蘑菇等农作物中，都发现有残留的三聚氰胺。尤其在蘑菇中，其残留最高达到每公斤17毫克左右。农药残留对于食品安全的影响，是一个更加宏大的话题，也是中国长期存在的一个“软肋”。
《财经》杂志报道，世卫组织北京代表处有关人士表示，其总部的相关专家帮助搜集和整理了国际上不少现有的研究资料，转交给中国卫生部。但遗憾的是，目前所有的研究成果，都是基于三聚氰胺动物实验得到的。由于尚无三聚氰胺的直接人体试验数据，只能根据动物实验外推其影响。
2007年5月24日 ，在美国“毒宠物食品事件”爆发后不久，美国食品药品监督管理局（FDA）、美国农业部、美国环保局（EPA）以及国土安全部曾经联合发布《三聚氰胺及类似物安全性与风险中期评估》报告。在这份报告中，三聚氰胺被定义为一种低毒甚至微毒物质，“只有大剂量暴露时，才会对动物产生毒性”。
不过，该报告也承认，这些实验绝大多数都是在老鼠这样的啮齿类动物身上进行，针对狗的也仅有一例。现有研究成果已经显示，在不同的动物模型中，三聚氰胺表现出的毒性并不相同。
因此，报告一方面强调，对于哺乳动物而言这种物质是低毒的，即使畜禽食用含三聚氰胺的饲料，其肉、蛋等产品仍然安全；同时，亦强调目前尚未在猫甚至人身上做过类似的实验。
美国公共健康协会（APHA）的主任乔治本杰明（Georges Benjamin）是该报告的六位评审专家之一。他坦言，目前对于三聚氰胺的人体毒性仍然知之甚少。一个普遍的共识是，相对于成年人而言，儿童更容易受到这种物质的损害。迄今为止，因为食用被污染的奶粉而罹患肾结石的都是婴幼儿，尚未发现成人因此患病的个案。
9月17日，中国卫生部部长陈竺在国务院新闻办举行的新闻发布会上表示，专家对受污染婴幼儿配方奶粉进行的风险评估显示，以体重7公斤的婴儿为例，假设每日摄入奶粉150克，其安全预值即最大耐受量为15毫克/公斤奶粉。这个标准，要比美国FDA制定的三聚氰胺可容忍摄入量为每日0.63毫克 /公斤体重的标准更为严格。
不过，卫生部至今仍未对这一风险评估过程做出更详细的解释。一些业内专家对于15毫克/公斤奶粉的来源，也都知之不详。
早在去年的“毒宠物食品事件”时，就有专家猜测，之所以大量宠物死于被污染的食品，除了三聚氰胺，很可能与其中含有的同类物三聚氰酸（Cyanuric acid）有关。即两种物质一旦大剂量共存，就会产生协同效应，产生的毒性远大于简单的叠加。
此外，在动物实验中，三聚氰胺已经表现出了一定的致癌性，但国际癌症研究组织（IARC）并未将其列为可能的致癌物。这是因为三聚氰胺并没有表现出遗传毒性和直接的细胞损伤作用。尽管结石有可能会进而诱发癌症，也只是一种间接的机理。但考虑到中国这样大规模的群体性中毒事件，之前尚未有先例；或许仍需要很长的时间，才能确认是否会真正诱发癌症。
如果奶粉或者液态奶中出现的三聚氰胺果真是由于添加三聚氰胺废料引起，那么，值得担心的不仅仅是这种物质。据了解，这种废料中除了含有一定含量的三聚氰胺，往往还含有尿素、氨、硅胶、硝酸钾、亚硝酸钠、冰乙酸、活性炭等物质。其中的亚硝酸纳是国际上公认的致癌物之一。
此外，2007年，联合国粮农组织（FAO）和世卫组织联合发布的一份报告指出，以一种名为灭蝇胺（Cyromazine）的常用农药为例，其降解之后的惟一重要产物，就是三聚氰胺。
目前，科学家在莴苣、芹菜、西红柿、土豆甚至蘑菇等农作物中，都发现有残留的三聚氰胺。尤其在蘑菇中，其残留最高达到每公斤17毫克左右。 鉴于其可能的潜在危害，加拿大已经在今年开始制定更为严格的灭蝇胺最大残留限量（MLR）标准。但国内并未发现相应标准。
农药残留对于食品安全的影响，是一个更加宏大的话题，也是中国长期存在的一个“软肋”。9月17日，在河南郑州开幕的中国科学技术协会第十届年会上，前来参加会议的食品安全快速检测技术研讨会的南昌大学副校长谢明勇对此颇为忧虑。
他指出，截止到2004年，国际食品法典规定了2439条农药残留标准，涉及176种农药和375种食品；而在中国，仅对45种粮食、水果、蔬菜、肉等食品中，规定了104种农药允许的最大残留限量。
此外，在中国已批准的1500多种食品添加剂中，仅有250多种制订了国家标准，很多食品添加剂都缺少残留限量标准的检测方法。对已广泛使用的酶制剂、氨基酸或蛋白金属螯合物、转基因产品、抗生素、促生长剂等高新技术产品的技术标准制定，基本上仍属于空白。
对于抗生素在农业中滥用可能造成的危害，华南理工大学轻工与食品学院教授石磊深有同感，因为这有可能催生超级耐药病菌的滋生和蔓延。在接受记者采访时，他警告说，如果说三聚氰胺威胁尚可以通过新的标准和检测技术来加以解决，那么抗生素带来的挑战显然更为严峻。
或许，单纯建立覆盖三聚氰胺这一“元凶”的标准体系并不难；难的是如何以此为契机，建立起中国完整的食品溯源体系以及预警体系，并推动国家食品安全从技术上和制度上的全面推进。