在我国食品工业中，生物技术工业化产品占有一定的比重，有了良好的开端。但是，与世界上发达国家相比，差距还很大，目前存在的主要问题表现在以下几个方面，值得重视和努力解决。
安全性备受关注目前，食用安全性已成为阻碍生物技术在食品工业中应用的最大问题。日本于1991年4月出台了《基因重组食品添加剂安全性评价指针》，该指针明确指出，凡是通过重组DNA技术改造微生物，其产生的各种酶、多肽及其他生物因子，必须经过安全性评价才能上市。随后，由于欧美各国已有大量经重组DNA技术改良的农作物出现在国际市场上，该指针又于1996年将种子植物转基因后的食用安全性纳入评价范围。尽管到目前为止仅有食用转基因玉米出现过蛋白质过敏的报道，但由于基因表达的时序性以及人体本身免疫调节系统的存在，使人们对转基因食品的安全性仍然不能完全放心，更何况，由于缺乏对蛋白质空间结构的精确分析手段，根本无法鉴定基因异体表达的蛋白质与目标蛋白质的一致性，因此，转基因食品的安全性问题会在较长的时期里困扰着人们。2001年6月，我国正式颁布实施《农业作物基因工程安全管理实施办法》，该办法对基因技术食品研究、开发、利用的安全性管理做了严格的规定。目前，通过农业部生物工程安全委员会批准，能够商业化的转基因作物只有6例，涉及食品的有3例，包括两种番茄和一种甜椒。但是，由于到目前为止我国尚未出台国外转基因食品进口的相关安全性限制法规，市场上国外的转基因食品会越来越多，转基因食品与人们身体健康关系也将越来越密切。
生物技术水平不高、应用范围较窄目前，生物技术在食品工业中的应用主要以发酵工程为主，而基因工程和酶工程尚未得到广泛应用，并且生物技术的应用也主要集中在发酵食品工业中，而在营养食品、绿色食品、有机食品和保健食品等新型食品的研究与开发方面未得到充分的应用。生物技术水平方面存在的问题主要集中在：食品发酵技术基础研究薄弱、技术落后；微生物制剂工业化生产程度较低；基因工程产品研究开发力度不够。
生物技术在食品工业中应用展望近20年来，美国、日本等国，生物技术在经济发展中起到越来越大的作用。我国政府把生物技术列于微电子、信息、航天、新能源、新材料等高技术的首位，组织跟踪和攻关，并给予高强度支持。只有培育出高产的粮食作物及基因工程食品，才能满足对食物的要求。现代基因工程技术将为农业带来新的绿色生命，给人们更加丰富、更有利于健康、更富有营养的食品，将为人类发挥无穷无尽的力量。生物技术在食品工业上的应用具有极广阔的前景和美好的未来。